Vackra Varjisån börjar med några bäckar och tjärnar nedanför bergen Daitavare, Udtjapuouta och Jårpåkvare och rinner sedan ut sjön i Kuollejaure, ca 4 mil väster om Kåbdalis. Varjisån rinner sedan genom Lillvarjisträsk och Storvarjisträsk. Inlandsbanan går nära ån på norra sidan av sjön. Varjisträsk järnvägsstation ligger bara 25 meter från ån.
Biflöden är Iggejaurbäcken, Vitbäcken, Sikån samt Telejokk. Varjisån möter sedan Pitälven nedanför Storforsen i Bredsel. Varjisån har tidigare varit en flottningsled. Varjiån är ca 80 km lång och slingrar sig vackert genom skogslandskapet.